พระพุทธศาสนาเข้าสู่ประเทศญี่ปุ่นโดยผ่านทางประเทศเกาหลี ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นชื่อ นิฮอนโกชิ ได้บันทึกไว้ว่า วันที่ ๑๒ ตุลาคม พ.ศ.๑๐๙๕ เป็นปีที่ ๑๓ ตรงกับรัชกาลพระเจ้ากิมเมจิ พระเจ้าจักรพรรดิองค์ที่ ๑๙ ของประเทศญี่ปุ่น พระพุทธศาสนาได้เข้าสู่ประเทศญี่ปุ่น โดยพระเจ้าเซมาโว แห่งประเทศเกาหลี พระองค์ได้ส่งราชทูตไปยังราชสำนักของพระเจ้ากิมเมจิ พร้อมด้วยพระพุทธรูป ธง คัมภีร์พุทธธรรมและพระราชสาสน์ แสดงพระราชประสงค์ที่จะขอชักชวนให้พระเจ้ากิมเมจิยอมรับนับถือพระพุทธศาสนา ปรากฏว่าพระเจ้ากิมเมจิทรงรับด้วยความพอพระทัยอย่างยิ่ง เหตุนี้ จึงเป็นการเริ่มต้นของพระพุทธศาสนาในญี่ปุ่น
ต่อมา พระพุทธศาสนาได้เจริญรุ่งเรืองขึ้นในประเทศญี่ปุ่นโดยลำดับ โดเฉพาะ ในสมัยพระจักรพรรดิกิมเมจิ ทรงใส่พระทัยและให้ความสำคัญ ตลอดถึงให้การอุปถัมภ์พระพุทธศาสนาเป็นอย่างมาก แต่ต่อมาภายหลังที่พระองค์สิ้นพระชนม์แล้ว พระจักรพรรดิองค์ต่อๆ มาก็มิได้ใส่พระทัยในพระพุทธศาสนา ปล่อยให้พระพุทธศาสนาเสื่อมโทรมลงเป็นอย่างมาก จนถึงสมัยจักรพรรดินีซุยโก ได้ทรงสถาปนาเจ้าชายโชโตกุ เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน เมื่อ พ.ศ. ๑๑๓๕ เจ้าชายพระองค์นี้เองที่ได้วางรากฐานการปกครองประเทศญี่ปุ่นอย่างชัดเจน และสร้างสรรค์วัฒนะธรรม ในขณะเดียวกันทรงเลือกเชิดชูพระพุทธศาสนาขึ้นมาเป็นส่วนหนึ่งในการวางรากฐานของประเทศ และในวันที่ ๑ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๑๑๓๗ พระองค์ได้ประกาศพระราชโองการเชิดชูพระรัตนตรัย อันเป็ฯพระราชโองการพระเจ้าจักรพรรดิที่ยกย่องพระพุทธศาสนา ดังนั้น พระพุทธศาสนาได้เจริญรุ่งเรืองอย่างมั่นคงในญี่ปุ่น ประชาชนญี่ปุ่นรวมเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน ข้าราชการทหาร และพลเรือนทั้งปวง ต่างแข่งขันกันสร้างวัดในพระพุทธศาสนา และสำนักปฏิบัติธรรมเป็นอันมาก ยุคสมัยนี้ ได้ชื่อว่า ยุคโฮโก คือ ยุคที่สัทธรรมไพโรจน์ เจ้าชายโชโตกุ ได้ทรงประกาศธรรมนูญ ๑๗ มาตรา ซึ่งเป็นธรรมนูญที่ประกาศหลักสามัคคีธรรมของสังคม ด้วยการเคารพเชื่อถือพระรัตนตรัย นอกจากนี้ ยังทรงแสดงพระธรรมเทศนาซึ่งถือว่าเป็นการเริ่มต้นการแสดงเทศนาเกี่ยวกับพระสูตรในประเทศญี่ปุ่นขึ้นเป็นครั้งแรก
ในสมัยนี้ ได้มีการติดต่อทางวัฒนะธรรมนำเอาคัมภีร์พระพุทธศาสนา และอรรถกถาต่างๆ จากประเทศต่าง ๆ ที่นับถือพระพุทธศาสนาและที่มีประวัติศาสตร์ทางพระพุทธศาสนาเข้าสู่ประเทศญี่ปุ่นอย่างจริงจัง แม้ตัวเจ้าชายเองก็ได้ทรงแต่งคัมภีร์อรรถกถาของพระองค์เองด้วย เจ้าชายโชโตกุสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ.๑๑๖๕ บรรดาประชาชนทั้งปวงมีความเศร้าโศกอาลัยเป็นอันมาก จึงได้ร่วมกันสร้างพระพุทธรูปขนาดเท่าองค์เจ้าชายโชโตกุ ขึ้น ๑ องค์ องค์ประดิษฐานไว้เป็นอนุสรณ์ ที่วัดโฮริวจิ หลังจากนั้นมาพระพุทธศาสนาก็ถูกแบ่งออกเป็นหลายนิกาย พระพุทธศาสนาหยุดชะงักความเจริญก้าวหน้ามาตลอด เพราะนโยบายการปกครองประเทศบีบบังคับทางอ้อมจนถึงยุคเมอิจิ พระพุทธศาสนาก็ยิ่งเสื่อมลงไปอีก ลัทธิชินโตได้รับความนิยมนับถือแทนพระพุทธศาสนา พระพุทธศาสนาถูกยกเลิกไปจากราชสำนักของพระจักรพรรดิ มีนโยบายล้มล้างพระพุทธศาสนา นอกจากนั้นศาสนาคริสต์ก็เริ่มเผยแผ่พร้อมกับวัฒนะธรรมตะวันตกหลั่งไหลเข้ามาในญี่ปุ่น เมื่อการศึกษาเจริญมากขึ้น พระพุทธศาสนาถูกยกขึ้นมาในแง่ของวิชาการพระสงฆ์เริ่มงานการศึกษาและวิจัยอย่างจริงจังกว้างขวางตามวิธีสมัยใหม่ ส่วนหน้าที่ในการประกอบพิธีกรรมอันศักดิ์สิทธิ์นั้น พระสงฆ์แต่ละนิกายก็ยังคงจัดพิธีกรรมเป็นประเพณีตามนิกายของตน
พระพุทธศาสนาในญี่ปุ่นในปัจจุบัน
ในปัจจุบันชาวญี่ปุ่นนับถือพระพุทธศาสนาควบคู่ไปกับศาสนาชินโต ซึ่งเป็นศาสนาหลักมาแต่โบราณ พระพุทธศาสนาแบ่งออกเป็นหลายนิกาย นิกายที่สำคัญ ๆ มี ๕ นิกาย ดังนี้
๑. นิกายเทนได (เทียนไท้) พระไชโจ (เด็งกะโยไดชิ) เป็นผู้ตั้ง มีหลักคำสอนเป็นหลักธรรมชั้นสูง ส่งเสริมให้บูชาพระพุทธเจ้าองค์ปัจจุบันและพระโพธิสัตว์
๒. นิกายชินงอน พระกุไกเป็นผู้ตั้งในเวลาใกล้เคียงกับนิกายเทนได มีหลักคำสอนตามนิกายตันตระ สอนให้คนบรรลุโพธิญาณด้วยการสวดมนต์อ้อนวอน ถือคัมภีร์มหาไวโรจนสูตรเป็นสำคัญ
๓. นิกายโจโด (สุขาวดี) โฮเนน เป็นผู้ตั้งเมื่อ พ.ศ.๑๗๑๘ นิกายนี้สอนว่า สุขวดีเป็นแดนอมตสุขผู้จะไปถึงได้ด้วยออกพระนามพระอมิตาภพุทธะ นิกายนี้มีนิกายย่อยอีกมาก เช่น โจโดชิน (สุขาวดีแท้) ตั้งโดยชินแรน มีคติว่า ฮิโชฮิโชกุ ไม่มีพระไม่มีฆราวาส ทำให้พระในนิกายนี้มีภรรยาได้ฉํนเนื้อได้ มีความเป็นอยู่คล้ายฆราวาส
๔. นิกายเซน (ชยาน หรือ ฌาน) นิกายนี้ถือว่า ทุกคนมีธาตุพุทธะอยู่ในตัว ทำอย่างไรจึงจะให้ธาตุพุทธะนี้ปรากฏออกมาได้ โดยความสามารถของตัวเอง สอนให้ดำเนินชีวิตอย่างง่าย ให้เข้าถึงโพธิญาณอย่างฉับพลัน นิกายนี้คนชั้นสูง และพวกนักรบนิยมมาก เป็นต้นกำเนิดของลัทธิบูชิโด นับถือพระโพธิธรรมผู้เผยแพร่ในประเทศจีน
๕.นิกายนิชิเรน นิชิเรนเป็นผู้ตั้ง นับถือสัทธรรมปุณฑริกสูตรอย่างเดียว โดยภาวนาว่า นะมึ เมียว โพเรงเงเกียว (นโม สทฺธมฺมปุณฺฑริก สุตฺตสฺส ขอนอบน้อมแด่ สัมธรรม ปุณฑริกสูตร) เมื่อเปล่งคำนี้ออกมาด้วยความรู้สึกว่ามีตัวธาตุพุทธะอยู่ในใจ ก็บรรลุโพธิได้
หลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ มีนักการศึกษามากมายพยายามเชื่อมประสานพระพุทธศาสนานิกายต่างๆ เข้าด้วยกัน โดยจัดตั้งเป็นองค์การขึ้น องค์การสื่อสารสัมพันธฺระหว่างชาวพุทธที่ใหญ่ที่สุด คือ พุทธศาสนิกสัมพันธ์แห่งญี่ปุ่น ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒๓ สิงหาคม ๒๕๐๐ มีสำนักงานอยู่ที่วัดชุกิจิ ฮองวันจิ ในนครโตเกียว
กิจการทางพุทธศาสนาที่สำคัญและมีจุดเด่นก้าวหน้าที่สุดของญี่ปุ่น คือ การจัดการศึกษา ซึ่งพระพุทธศาสนานิกายต่างๆ จะมีมหาวิทยาลัย วิทยาลัย โรงเรียนระดับมัธยมและในด้านความเป็นอยู่ของพระสงฆ์ในปัจจุบันนี้ พระส่วนใหญ่จะมีครอบครัวได้ ยกเว้นพระระดัยเจ้าอาวาสจะมีครอบครัวไม่ได้ และตำแหน่งพระยังสืบทอดเป็นมรดกแก่บุตรคนโตได้ด้วย
ประเทศญี่ปุ่นในปัจจุบัน เป็นประเทศมหาอำนาจทางเศรษฐกิจ เป็นหนึ่งใน 7 ประเทศของโลก (G7) ที่มีอิทธิพลต่อระบบเศรษฐกิจของโลก ประชาชนดำเนินชีวิตด้วยความเร่งรีบเพราะมีการแข่งขัน.ในทุก ๆ ด้าน ทำให้มีความเครียดและมีปัญหาด้านสุขภาพจิต เป็นโรคประสาท โรคจิต และสถิติการฆ่าตัวตายสูงมาก สิ่งที่จะช่วยบรรเทาความเครียดได้ ก็คือการปฏิบัติตามหลักธรรมในพระพุทธศาสนา เนื่องจากญี่ปุ่นชอบความเร็วให้ได้ผลทันใจ พระพุทธศาสนานิกายเซนจึงเป็นที่นิยม และมีการสร้างนิกายใหม่ๆ หรือลัทธิใหม่ๆ ที่ปฏิบัติได้ผลรวดเร็วอีกมาก อาทิ นิกายมหายานเนนบุชสุชุ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการจัดประชุมผู้นำทางพุทธศาสนาทั่วโลกหลายครั้ง ทั้งในประเทศญี่ปุ่นและต่างประเทศที่มีผู้นับถือพุทธศาสนา ทั้งมหายานและเถรวาท คนญี่ปุ่นส่วนหนึ่งไม่นับถือศาสนาใดเลย แต่ยึดถือลัทธิการเมืองตามความชอบใจของตน.
